اوگاندا در 1894 به عنوان کشوری تحت‌الحمایه بریتانیا و در ابتدا به صورت یک پادشاهی مقتدر تشکیل گردید. اوگاندادر سال 1962استقلال خود را از بریتانیای کبیربه دست آورد و به عنوان یک جمهوری اعلام موجودیت کرد.

در سال 1971 حکومت میلتون اوبوتهرئیس جمهور اوگاندا که در 1966 به قدرت رسیده بود، طی کودتائی به رهبری ایدی امینکه در دوره ریاست جمهوری میلتون اوبوته فرماندهی ارتش و نیروی دریایی اوگاندا را در دست داشت سرنگون شد. در سال 1971، هنگامی که میلتون اوبوته در سفر خارج به سر می‌برد، لیدی امین دست به کودتا زد و حکومت وی را سرنگون کرد. قذافی رهبر لیبیجزو اولین کسانی بود که حمایت خود را از امین اعلام نمود. رژیم ایدی امین در سال 1979 و پس از آن که نیروهای نظامی تانزانیا، همسایه اوگاندا، این کشور را اشغال کردند سرنگون شد. اشغال اوگاندا به هشت سال حکومت عیدی امینخاتمه داد در حالیکه گفته می‌شد در این دوره، هزاران نفر در اوگاندا کشته شده بودند. از آن زمان تا کنون یووری موسوینی رهبری کشور را در دست دارد.